Neu fliegt Air Malta im Jahr 1999 zweimal wöchentlich ab dem EuroAirport nach Malta, freitags mit einer Boeing 737-400 via Stuttgart sowie samstags mit den bewährten Boeing 737-200 direkt.
Auf einem Charterflug übers Pfingstwochenende setzt Air Malta auch auf dem Rückflug am Pfingstmontag den von der belgischen Sabena eingemieteten Airbus A310-200 ein, wie schon auf dem Hinflug am 1. Juni 1995.