Niki Luftfahrt betreibt im Sommer 2016 eine reine Airbus-Flotte, bestehend aus fünf A319, zwölf A320 und drei A321, wobei sich die Zusammensetzung der Flotte des Öfteren wieder ändert. Immer weniger Maschinen tragen die graue Niki-Bemalung mit der Fliege. Die Neuzugänge erhalten auch keine grossen Niki-Logos mehr, sondern tragen die vollständige Bemalung der Air Berlin, ergänzt durch einen kleinen Sticker «Operated by Niki» hinter der Eingangstür.