Germania ging aus der SAT (Special Air Transport) hervor, die 1978 gegründet würde. Sie eröffnete den Flugbetrieb mit Fokker F.27 Friendship und stellte 1980 drei Sud Aviation Caravelle10R aus Beständen der LTU in Dienst. 1985 wurde sie von Hinrich Bischoff übernommen. Die drei Caravelle 10R wurden kurz darauf durch zwei gebrauchte Boeing 727-100 der Hapag-Lloyd Flug abgelöst. Im Juni 1986 wurde die Germania Fluggesellschaft mbH gegründet und die Betriebsgenehmigung der SAT auf die Germania übertragen. Im März 2016 setzt Germania neben zehn Boeing 737-700 auch acht Airbus A319 und vier Airbus A321 ein. Dazu kommen noch zwei A319 und ein A321 der Schweizer Tochtergesellchaft Germania Flug.