In den Kriegsjahren entwickelte die Eidgenössische Konstruktionswerkstätte die C-36 als Allrounder für Ausbildung, Aufklärung und für Jagdbomber-Einsätze. Bewaffnet war die Maschine mit einer Motorkanone, Flügel-MGs und zwei beweglichen Maschinengewehren für den Beobachter. In der Jagdbomber-Konfiguration konnten 50-Kilogramm-Bomben sowie spezielle Bündel von je zwölf HG-40 Handgranaten (!) an den Flügel-Aufhängepunkten mitgeführt werden. Nach einer Vorserie von 10 Einheiten bauten die Eidg. Flugzeugwerke in Emmen nicht weniger als 142 Maschinen in verschiedenen Versionen, die in den Jahren 1942 bis 1952 zum Einsatz kamen. 24 Maschinen wurden danach auf Propellerturbinen umgerüstet und als Zielschlepper für die Flab-Truppen noch bis 1988 eingesetzt.