Der FK Krasnodar wurde im Jahr 2008 von Sergei Galizki, dem Eigentümer der russichen Handelskette Magnit gegründet. Da sich der FK Saturn Ramenskoje aus finanziellen Gründen freiwillig zurückzog, wurde der FK Krasnodar in die Premjer-Liga aufgenommen. Seither belegt die Mannschaft regelmässig Plätze im gesicherten Tabellenmittelfeld.