Aegean Aviation wurde 1987 gegründet. Anfangs wurden nur Flüge mit Geschäftsreiseflugzeugen durchgeführt. 1994 kaufte der Konzern Vassilakis die Gesellschaft auf und baute sie durch die Anschaffung von mehreren Gates Learjet aus. Im März 1999 wurde die heutige Aegean Airlines gegründet, die im Mai 1999 mit zwei Avro RJ100 die ersten Passagierflüge durchführte. Im selben Jahr schloss sich Aegean Airlines mit Air Greece zusammen, und 2001 wurde Cronus Airlines übernommen. Als letzter griechischer Konkurrent wurde Olympic Air im Oktober 2013 für 72 Millionen Euro übernommen, wird allerdings als Tochtergesellschaft für Kurzstreckenflüge weitergeführt.