JAT Yugoslav Airlines und später JAT Airways sind seit Beginn zu 49% Teilhaber von MAT Macedonian Airlines. Nach deren Betriebseinstellung im Jahr 2009 wird JAT Airways auch an der Planung der Nachfolge-Gesellschaft Aeromak Air Transport beteiligt sein, die ab Ohrid und Skopje sieben Destnationen bedienen soll. Das Projekt wird sich allerdings nicht verwirklichen lassen.