Nyxair wurde im Oktober 2017 in Tallinn gegründet und nahm dem Betrieb im Juni 2018 auf. Im Sommer 2022 setzte sie einen ATR 42, sieben Saab 2000 und neun Saab 340 ein. Mehrere Maschinen werden nach Bedarf für Air Leap,Skåne Malmö, Västflyg oder Loganair betrieben.