Pegas Fly wurde 1993 als Ikar gegründet.Ikar Airlines ist noch immer der eingetragene Firmenname, was durch eine entsprechende Aufschrift angezeigt wird. Als ursprünglich reine Chartergesellschaft des Tour Operators Pegasus Turistik erhielt sie 2014 den Namen Pegas Fly. Mittlerweile tragen auch die im Inland eingesetzten Boeing 737-800 und Boeing 737-900 sowie die Embraer 190 die Pegas-Farben. Pegas Fly hat ihren Sitz in Krasnojarsk und die Basis auf dem Flughafen Jemeljanowo.